В 1945 году Владыка Никодим принял постриг в малую схиму в честь праведного Никодима от епископа Черновицкого и Буковинского Феодосия (Коверницкого) в Иоанно-Богословском Крещатинском монастыре Черновицкой обл. С тех пор, пребывая в монашеском сане, Владыка Никодим неоднократно вспоминал свой монашеский постриг и обеты, данные Господу в юности. Некоторые события из своей жизни, проведенной в Иоанно-Богословской обители, митрополит Никодим описал в своих литературных трудах.