Крест преподобного Савватия был обретен святителем Филиппом, митрополитом Московским, в бытность его соловецким игуменом, о чем свидетельствует надпись на его оборотной стороне: «лета 7064-го (т.е. 1556) взысканием и потружением игумена Филиппа».

После упразднения Соловецкого монастыря советской властью каменный крест преподобного Савватия стал экспонатом музея, созданного в 1920-е гг. при концлагере, а в 1939 г. после упразднения Соловецкой тюрьмы он был вывезен в Москву с рядом других ценных экспонатов.

Активное участие в судьбе соловецкой святыни принял прославленный советский архитектор, реставратор памятников древнерусского зодчества П.Д. Барановский. Будучи основателем и первым директором музея в Коломенском, он сохранил многие реликвии Соловецкого монастыря, добившись их вывоза в Москву. Среди прочих переданных в музей ценностей был и крест преподобного Савватия.

В 1993 году святыня была возвращена в возобновленный Соловецкий монастырь. Переданный обители крест был в очень плохом состоянии: он был расколот на несколько частей. После реставрации крест был помещен в одном из монастырских храмов. В последние годы святыня хранится в храме в честь святителя Филиппа, митрополита Московского.